螺桿式冷水機運行中應注意觀察吸排氣壓力、吸排氣溫度、油溫和油壓，并定時記錄。要求儀表是準確的。運轉過程中由于某項安全保護動作自動停車，一定要查明故障原因方可開機。絕不允許通過改變它們的設定值或屏蔽故障的方法再次開機。
螺桿式冷水機突然停電造成主機停機時，由于旁通電磁閥B不能開啟，壓縮機可能出現倒轉現象，這時應迅速關閉吸氣截止閥，減輕倒轉。如果在氣溫較低的季節長期停機，應將系統中的水全部放凈，避免凍壞設備。
螺桿式冷水機如果在氣溫低的季節開機，先開啟油泵，按電機旋轉方向盤動聯軸器，使油在壓縮機內循環，充分潤滑，這個過程一定要在手動開機方式下進行；如果是氟利昂制冷劑，開機前要先開油加熱器加熱潤滑油，油溫要保證在25℃以上。
螺桿式冷水機組長期停機，應每隔10天左右開啟一次油泵，保證壓縮機內各部位都有潤滑油，每次油泵開動10分鐘即可；每2~3個月開動一次壓縮機，每次1小時，保證運動部件不會粘在一起。每次開機前，盤動壓縮機幾圈，檢查壓縮機有無卡阻情況，并使潤滑油均勻分布各部位。
